Ответ от 1С:

Когда предварительная оплата поступает в счет поставки товаров (выполнения работ, оказания услуг), реализация которых облагается НДС по нулевой ставке, НДС с полученного аванса платить не нужно (п. 1 ст. 154 НК РФ). В отношении экспортных операций п. 1 ст. 164 НК РФ установлена ставка НДС 0 процентов.

Соответственно, аванс в счет предстоящей поставки товаров на экспорт в налоговую базу по НДС не включается и счет-фактуру на сумму предоплаты составлять не требуется (п. 17 Правил ведения книги продаж, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137).

Однако при отгрузке экспортных товаров необходимо оформить счет-фактуру в общем порядке. Обязательные реквизиты счета-фактуры перечислены в п. 5 ст. 169 НК РФ. Одним из них является номер платежно-расчетного документа в случае получения авансовых (или иных платежей) в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг) (пп. 4 п. 5 ст. 169 НК РФ). Он указывается по строке 5 документа.

Каких-либо особенностей заполнения данной строки в отношении "экспортных" счетов-фактур нормами НК РФ не предусмотрено. Поэтому следует указать в счете-фактуре номер и дату составления платежного документа, которым покупатель перечислил аванс.

Счет-фактуру нужно отразить в книге продаж, учитывая следующие особенности (см. письмо Минфина России от 05.07.2007 № 03-07-08/180).

если экспорт будет подтвержден в течение 180 дней с даты помещения товаров под таможенный режим экспорта (то есть будет собран весь пакет документов, перечисленных в ст. 165 НК РФ), то счет-фактуру нужно зарегистрировать в книге продаж в том квартале, в котором собраны необходимые документы. Это связано с тем, что моментом определения налоговой базы по НДС по экспортным операциям является последний день месяца, в котором собран полный пакет документов (п. 9 ст. 167 НК РФ);
если же на 181-й календарный день экспорт не будет подтвержден, то налоговую базу необходимо определить на дату отгрузки товаров (пп. 1 п. 1 ст. 167 НК РФ). НДС необходимо рассчитать с применением ставки 18 (или 10) процентов (п. 9 ст. 165 НК РФ). А счет-фактуру зарегистрировать в книге продаж в том квартале, на который приходится дата отгрузки (п. 22.1 Правил ведения книги продаж, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). Для этого потребуется оформить дополнительный лист книги продаж.